EFSA pracuje nezávisle od európskych legislatívnych a exekutívnych inštitúcií (Komisia, Rada, Parlament) a členských štátov EÚ. Bola zriadená v roku 2002 po sérii potravinových kríz koncom 90tych rokov, aby bola zdrojom vedeckých informácií a komunikácie o rizikách spojených s potravinovým reťazcom.