EFSA funguje nezávisle na evropských legislativních a výkonných orgánech (Komise, Rada a Evropský parlament) a členských státech EU. Úřad byl zřízen v roce 2002 po několika potravinových krizích ke konci 90. let minulého století. Funguje jako zdroj vědeckého poradenství a informací týkajících se rizik spojených s potravinovým řetězcem.