Η EFSA λειτουργεί ανεξάρτητα από τα ευρωπαϊκά νομοθετικά και εκτελεστικά όργανα (Επιτροπή, Συμβούλιο, Κοινοβούλιο) και τα κράτη μέλη της ΕΕ. Ιδρύθηκε το 2002 μετά από μια σειρά διατροφικών κρίσεων στα τέλη της δεκαετίας του 1990 και αποτελεί πηγή επιστημονικών συμβουλών και πληροφοριών σχετικά με τους κινδύνους που συνδέονται με την τροφική αλυσίδα.