Az EFSA az európai uniós jogalkotó és végrehajtó intézményektől (Bizottság, Tanács, Parlament), valamint a tagállamoktól függetlenül végzi tevékenységét. A hatóság az 1990-es évek végén több alkalommal kialakult élelmiszer-biztonsági válsághelyzetek nyomán jött létre 2002-ben azzal a céllal, hogy tudományos tanácsokkal és információkkal szolgáljon az élelmiszerlánccal összefüggésben felmerülő kockázatokkal kapcsolatban.