L-EFSA taħdem indipendentement mill-istituzzjonijiet leġiżlattivi u eżekuttivi Ewropej (il-Kummissjoni, il-Kunsill, il-Parlament) u l-Istati Membri tal-UE. Hija ġiet stabbilita fl-2002, wara sejre ta’ kriżijiet tal-ikel lejn l-aħħar tas-snin disgħin biex tkun sors ta’ pariri xjentifiċi u komunikazzjoni dwar ir-riskji assoċjati mal-katina alimentari.