Die EFSA arbeitet unabhängig von den legislativen und exekutiven Organen der EU (Kommission, Rat, Parlament) und den EU-Mitgliedstaaten. Sie wurde 2002 infolge einer Reihe von Lebensmittelkrisen in den späten 1990er Jahren als unabhängige Quelle für wissenschaftliche Beratung und Kommunikation zu Risiken im Zusammenhang mit der Lebensmittelkette eingerichtet.