EFSA drives uafhængigt af EU's lovgivende og udøvende institutioner (Kommissionen, Rådet og Parlamentet) og EU's medlemslande. EFSA blev oprettet i 2002 i kølvandet på en række fødevaresikkerhedskriser i sluthalvfemserne og har til formål at rådgive og informere om de risici, der opstår i fødevarekæden.