Byrån drog igång sin verksamhet i december 2012 och sköter driften av Schengens informationssystem SIS, it-systemet för viseringar (VIS) och Eurodac (databas med fingeravtryck). Byrån håller också på att utveckla fler it-system för att förbättra gränsförvaltningen och den inre säkerheten i hela Europa. Byråns huvudsakliga uppgift är att se till att systemen fungerar dygnet runt, året runt.