Is í Gníomhaireacht Feidhmiúcháin na Comhairle Nuálaíochta Eorpaí agus na bhFiontar Beag agus Meánmhéide (EISMEA) atá freagrach as an gComhairle Nuálaíochta Eorpach a fhorbairt agus a chur chun feidhme faoi threoir Bhord neamhspleách CNE agus na hinfheistíochtaí a dhéanann Ciste CNE á gcur san áireamh. Ina theannta sin bainistíonn an Ghníomhaireacht cláir eile de chuid an Aontais sna réimsí seo a leanas: tacaíocht do FBManna, éiceachórais nuálaíochta, an margadh aonair, beartas tomhaltóirí agus infheistíochtaí nuálaíochta idir-réigiúnacha.