Изпълнителната агенция за Европейския съвет по иновациите и за МСП (EISMEA) отговаря за развитието и функционирането на Европейския съвет по иновациите (ЕСИ) под ръководството на независим комитет на ЕСИ, като взема предвид инвестициите, направени от Фонда на ЕСИ. Агенцията управлява и други програми на ЕС в областта на подкрепата за МСП, иновационните екосистеми, единния пазар, политиката за защита на потребителите и междурегионалните инвестиции в иновации.