L-Aġenzija Eżekuttiva Ewropea għall-Kunsill Ewropew tal-Innovazzjoni u għall-SMEs (EISMEA) hija responsabbli għall-iżvilupp u l-implimentazzjoni tal-Kunsill Ewropew tal-Innovazzjoni taħt il-gwida ta’ Bord tal-EIC indipendenti u li tqis l-investimenti magħmula mill-Fond EIC. L-Aġenzija timmaniġġja wkoll programmi oħra tal-UE fl-oqsma tal-appoġġ għall-SMEs, l-ekosistemi tal-innovazzjoni, is-suq uniku, il-politika tal-konsumatur u l-investimenti interreġjonali fl-innovazzjoni.