Výkonná agentura Evropské rady pro inovace a pro malé a střední podniky (EISMEA) odpovídá za rozvoj a provádění programu „Evropská rada pro inovace“ pod vedením nezávislého výboru ERI a s přihlédnutím k investicím provedeným fondem ERI. Agentura rovněž řídí další programy EU v oblasti podpory malých a středních podniků, inovačních ekosystémů, jednotného trhu, spotřebitelské politiky a meziregionálních inovačních investic.