Agencja Wykonawcza Europejskiej Rady ds. Innowacji i ds. MŚP (EISMEA) odpowiada za realizację działań Europejskiej Rady ds. Innowacji pod kierunkiem niezależnej rady EIC i z uwzględnieniem inwestycji z funduszy EIC. Agencja zarządza również innymi programami unijnymi w obszarach wspierania MŚP, ekosystemów innowacji, jednolitego rynku, polityki konsumenckiej i międzyregionalnych inwestycji innowacyjnych.