Eiropas Inovācijas padomes un MVU izpildaģentūra (EISMEA) atbild par iniciatīvas “Eiropas Inovācijas padome” (EIC) izstrādi un īstenošanu, vadoties pēc neatkarīgas EIC valdes norādēm un ņemot vērā EIC fonda veiktās investīcijas. Aģentūra arī pārvalda citas ES programmas tādās jomās kā atbalsts MVU, inovācijas ekosistēmas, vienotais tirgus, patērētāju politika un starpreģionālās investīcijas inovācijā.