Europos inovacijų tarybos ir MVĮ reikalų vykdomoji įstaiga (EISMEA), vadovaujant nepriklausomai EIC valdybai ir atsižvelgiant į EIC fondo investicijas, yra atsakinga už Europos inovacijų tarybos sukūrimą ir įgyvendinimą. Ši įstaiga taip pat valdo kitas ES programas MVĮ rėmimo, inovacijų ekosistemų, bendrosios rinkos, vartotojų politikos ir tarpregioninių investicijų į inovacijas srityse.