Įgūdžių sistemoje apibrėžiami įgūdžiai, kuriuos EPSO aptarnaujamos ES institucijos ir įstaigos laiko būtinais norint veiksmingai dirbti bet kurioje darbo vietoje. Kai kuriuos iš šių įgūdžių EPSO vertina atrankos etape, kitus – pačios ES institucijos ir įstaigos įdarbinimo etape. 

Toliau pateikiama įgūdžių sistema ir atitinkami jų pagrindai.