Izvršna agencija za Europsko vijeće za inovacije i MSP-ove (EISMEA) nadležna je za razvoj i provedbu Europskog vijeća za inovacije (EIC) pod vodstvom neovisnog Odbora EIC-a i uzimajući u obzir ulaganja iz fonda EIC-a. Agencija upravlja i drugim programima Unije u područjima koja se odnose na potpore MSP-ovima, inovacijske ekosustave, jedinstveno tržište, potrošačku politiku i međuregionalna ulaganja u inovacije.