Izvajalska agencija Evropskega sveta za inovacije ter za mala in srednja podjetja (EISMEA) je pristojna za razvoj in izvajanje Evropskega sveta za inovacije pod vodstvom neodvisnega odbora EIC in ob upoštevanju naložb sklada EIC. Agencija upravlja tudi druge programe EU na področju podpore MSP, inovacijskih ekosistemov, enotnega trga, potrošniške politike in medregionalnih naložb v inovacije.