L’Agence exécutive pour le Conseil européen de l’innovation et les PME (EISMEA) est chargée d’élaborer et de mettre en œuvre le Conseil européen de l’innovation sous la direction d’un comité du CEI indépendant et en tenant compte des investissements réalisés par le Fonds du CEI. L’Agence gère également d’autres programmes de l’UE dans les domaines du soutien aux PME, des écosystèmes d’innovation, du marché unique, de la politique des consommateurs et des investissements interrégionaux en matière d’innovation.