Die Europäische Exekutivagentur für den Innovationsrat und für KMU (EISMEA) ist unter Leitung eines unabhängigen EIC-Beirats sowie unter Berücksichtigung der Investitionen des ECI-Fonds für die Entwicklung und Durchführung des Europäischen Innovationsrats zuständig. Außerdem verwaltet die Agentur andere EU-Programme in den Bereichen Unterstützung von KMU, Innovation, Ökosysteme, Binnenmarkt, Verbraucherpolitik und interregionale Innovationsinvestitionen.