Agenția Executivă pentru Consiliul European pentru Inovare și IMM-uri (EISMEA) răspunde de dezvoltarea și implementarea Consiliului European pentru Inovare (CEI) sub îndrumarea unui comitet independent la nivel înalt (Comitetul CEI) și ținând seama de investițiile realizate de Fondul CEI. Agenția gestionează, de asemenea, alte programe ale UE, în domenii precum: sprijinirea IMM-urilor, ecosistemele de inovare, piața unică, politica de protecție a consumatorilor și investițiile interregionale în inovare.