La Agencia Ejecutiva para el Consejo Europeo de Innovación y las Pymes (EISMEA) es responsable de desarrollar y aplicar el Consejo Europeo de Innovación bajo la dirección de un Comité independiente del Consejo Europeo de Innovación y teniendo en cuenta las inversiones realizadas por el Fondo del Consejo Europeo de Innovación. La Agencia también gestiona otros programas de la UE en los ámbitos del apoyo a las pymes, los ecosistemas de innovación, el mercado único, la política de los consumidores y las inversiones interregionales en innovación.