Euroopa Innovatsiooninõukogu ja VKEde Rakendusameti (EISMEA) ülesanne on arendada ja rakendada Euroopa Innovatsiooninõukogu, lähtudes innovatsiooninõukogu sõltumatu nõuandekogu juhistest ja võttes arvesse innovatsiooninõukogu fondi investeeringuid. Ühtlasi haldab rakendusamet muid ELi programme VKEde toetamise, innovatsiooni ökosüsteemide, ühtse turu, tarbijapoliitika ja piirkondadevaheliste innovatsiooniinvesteeringute valdkonnas.