A Agência de Execução do Conselho Europeu da Inovação e das PME (EISMEA) é responsável pelo desenvolvimento e implantação do Conselho Europeu da Inovação (CEI) sob a orientação de um comité independente, o Comité CEI, e tendo em conta os investimentos efetuados pelo Fundo do CEI. A agência gere igualmente outros programas da UE nos domínios do apoio às PME, dos ecossistemas de inovação, do mercado único, da política dos consumidores e dos investimentos inter-regionais ligados à inovação.