L'Agenzia esecutiva del Consiglio europeo per l’innovazione e delle PMI (EISMEA) è responsabile dello sviluppo e dell'attuazione del Consiglio europeo per l'innovazione sotto la guida di un comitato CEI indipendente e tenendo conto degli investimenti effettuati dal fondo CEI. L'Agenzia gestisce anche altri programmi dell'UE nei settori del sostegno alle PMI, degli ecosistemi dell'innovazione, del mercato unico, della politica dei consumatori e degli investimenti interregionali in materia di innovazione.